发现不合规发票要怎么处理?
（一）当年没有取得发票，但以后年度取得发票的，应区分两种情况处理：
一是在汇算清缴前取得，即企业发生的支出，在当年度没有取得发票，但在次年5月31日前取得。《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第六条规定，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。因此，可以在支出当年税前扣除。
二是在汇算清缴后取得。企业发生的支出，在当年度及次年5月31日前都没有取得发票，不允许在税前扣除；但企业在以后年度取得，是追溯到支出发生当年扣除还是在取得发票当年扣除？企业所得税法实施条例第九条规定，企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。因此，应在支出发生所属年度扣除。
同时，《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条规定，根据税收征管法的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。因此，企业应对此向主管税务机关作出专项申报及说明。
（二）发票丢失
对于发票丢失，增值税方面有详细规定，但在所得税方面尚无明确规定。笔者认为，首先要求开票方重新开具，若开票方不能重新开具，则在支出确实发生的前提下，要求开票方提供证明，可允许企业税前扣除。
有些地方的税务机关对此作出明确，值得参考。比如，《宁夏回族自治区国税局、地税局关于明确企业所得税管理若干问题的公告》第十四条规定，根据企业所得税实质重于形式的原则，对于企业丢失已填开且有明确付款单位名称的普通发票（发票联），在发票开具方无法重复开具发票的情况下，企业应于发现丢失的5个工作日内书面报告其主管税务机关，并登报声明作废。向开具发票方索取曾于某年某月某日开具某某发票的证明，注明取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小写金额、发票字轨、发票编码、发票号码等，或要求开具发票方提供所丢失发票的存根联或记账联复印件，经主管税务机关审核后作为记账凭证入账。
（三）发票换开
若企业取得发票不合规且已在税前扣除，是否允许企业换开？笔者认为是可以的，替换原有不合规发票，不再作纳税调整
发现不合规发票要怎么处理?上文介绍了这三个情况，一是发票换开，发票丢失，或者是当年没有取得发票之后才取得的，这几个情况需要具体问题具体分析。