《国家税务总局关于增值税发票管理若干事项的公告》(国家税务总局公告2017年第45号)第三条规定,自2018年4月1日起,二手车交易市场、二手车经销企业、经纪机构和拍卖企业应当通过增值税发票管理新系统开具二手车销售统一发票。

这个公告透露了两个重大信息。
一是二手车销售统一发票纳入增值税发票管理新系统开具,也就是增值税发票管理新系统增加了二手车销售统一发票的开具模块,和成品油一样,以后应当通过增值税发票新系统开具二手车销售统一发票。
二是除了二手车交易市场以外,二手车经销企业、经纪机构和拍卖企业都可以开具二手车销售统一发票,前提是要先进行系统升级,在增值税发票新系统中增加二手车销售统一发票开具模块。
二手车交易主要通过两种方式进行。
一是交易行为在买方与卖方之间发生,汽车直接从卖方过户到买方,资金也从买方直接转移到卖方,二手车交易市场在中间提供经纪代理服务。二手车交易市场根据收取的交易佣金作为提供经纪代理服务的收入,小规模纳税人按3%的征收率纳税,一般纳税人按照6%的税率纳税。
二是交易进行了两次,即二手车经销企业收购二手车并出售。二手车经销企业先将二手车从卖方过户到自己名下,然后进行出售,将二手车过户到买方手中,赚取中间的差价部分。这种情况与第一种情况是有本质区别的,二手车的收购和出售是增值税货物销售应税行为。小规模纳税人和一般纳税人都应按照《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》(财税〔2009〕9号)第二条第二项规定:纳税人销售旧货,按照简易办法依照4%征收率减半征收增值税(所称旧货,是指进入二次流通的具有部分使用价值的货物(含旧汽车、旧摩托车和旧游艇),但不包括自己使用过的物品)。

综上所述,
仅仅从事二手车交易经纪代理服务的二手车交易市场、二手车经销企业等纳税人按照收取的佣金按照经纪代理服务进行申报纳税就行了,小规模纳税人3%,一般纳税人6%。而二手车经销企业收购二手车再销售的应按照销售旧货进行申报纳税,小规模纳税人和一般纳税人都应按照4%的征收率减半征收增值税。