办理食品经营许可证的流程为：

1、填写好食品经营许可证的申请表；

2、携带本人身份证、个体工商户营业执照或法人登记证等主体资格证明的原件或者复印件，从业人员身份证复印件和健康证，经过原件核对后，提交营业执照，然后制定食品安全管理制度；

3、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实自己所使用的水是正规自来水公司提供的；

4、到当地市场监督管理局提交如下资料：

（1）《食品流通许可申请书》；

（2）《名称预先核准通知书》复印件；

（3）与食品经营相适应的经营场所的使用证明；

（4）负责人及食品安全管理人员的身份证明；

（5）与食品经营相适应的经营设备、工具清单；

（6）与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件；

（7）食品安全管理制度文本；

（8）省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。

5、相关人员对符合申请资格的申请书进行预审，在两个工作日内提出预审意见，并做出受理决定，对于符合审批条件的，相关部门可以出具食品经营许可证，不符合规定的，则需按要求修改补正后重新受理审查；

6、食品经营者在工作日内需要到县级以上的地方食品药品监督管理局部门申请食品检测，管理人员依法对申请人的生产经营场所进行现场核查；对符合规定条件的，准予许可；

7、检测符合规定后，即可依法取得食品经营许可证。