（1）股东协议与公司章程都可以作为公司治理的工具

公司章程作为公司全体股东共同意志的体现，是全体股东协商一致的结果，或者是全体股东依据表决权多数确定的结果，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员有约束力；股东协议经由公司全体股东签署，同样是全体股东共同意志的体现，也是全体股东协商一致的结果，对公司股东有约束力。在公司法没有规定的情况下，公司股东可以依据公司章程进行规定；在公司章程也没有规定的情况下，公司股东还可以通过股东协议进行约定，以实现对公司的有效治理。

（2）股东协议与公司章程在内容上会有重叠

公司章程的内容既有必要记载事项，也有任意记载事项；股东协议的内容则完全是签约股东自由协商的结果。由于二者均是公司股东针对公司治理而协商确定的结果，内容上不可避免的存在重叠。股东协议与公司章程的内容一致的，自无问题。若股东协议与公司章程的内容不一致的，极易引发纠纷。因此，公司股东在签订股东协议和公司章程时，应就二者矛盾时如何选择适用进行明确。

（3）股东协议可以作为公司章程的补充

由于公司章程的公示性，出于保密的需求，公司股东认为不宜出现在公司章程中的内容，可以选择通过股东协议的形式确定下来。同时股东协议中还可以就有关保密事项与保密责任等进行约定。另外，由于公司章程的制订与修改须满足一定的法定程序，相较而言，股东协议的制订与修改则便捷许多。据此，股东协议成为公司章程的有效补充，可以弥补公司章程在公司治理方面的不足。

（4）股东协议与公司章程在法律上不存在从属与被从属的关系，不存在相互之间的权利义务承继关系

股东协议与公司章程是公司股东就公司治理问题作出的不同制度安排。因此，在具体适用时，应充分考虑股东的真实意思与第三人合法权益的保护。尤其是股东协议与公司章程发生矛盾与冲突时，更应如此。

（1）效力对象不同

公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员有约束力；股东协议仅对参与签约的股东产生约束力。

（2）修改程序不同

公司章程修改须依据公司法或者公司章程的规定，依法定程序进行，有限责任公司章程修改须经代表2/3以上表决权的股东通过，股份有限公司章程修改须经出席股东大会会议的股东所持表决权的2/3以上通过；股东协议修改由签订协议的各方股东协商一致进行。

（3）目的不同

公司章程目的是调整公司的内部关系和公司的对外经营行为；股东协议目的是调整公司存续中的股东权利义务、公司治理、职责分配等关系。

（4）内容不同

公司章程一方面是体现了发起人股东的主观意志，另一方面还体现了法律对公司内外关系的强制性要求，如果公司章程缺少了法定记载事项，将导致无效；股东协议内容是公司股东在公司运营过程中的各自的权利义务、公司治理、职责分配等事项，属于股东之间的任意性约定，不存在法定记载事项。

（5）必要性不同

公司章程是公司成立的必备文件，没有公司章程将导致公司无法成立；股东协议并非公司成立的必备文件，股东协议的有无与公司能否成立无关。

（6）性质不同

公司章程属于要式法律文件，公司法对公司章程的内容有具体要求，公司章程须依照公司法的规定制定，同时，公司章程须在公司登记机关备案登记，具有对世性，公司的交易相对人可以通过查询公司章程，了解交易对手的交易信息，并可以据此决定自己的交易行为；股东协议属于非要式法律文件，且股东协议无须在公司登记机关备案登记，不具有对世性，只存在于股东之间，具有对人性，公司的交易对手也无法从公示渠道获取股东协议，因此，股东协议的内容无法作为判断交易对手交易信息，以决定自己交易行为的依据。

（7）效力期间不同

公司章程效力始于公司成立，及于公司存续期间，终于公司终止；股东协议效力期间在于股东的自由约定。

（8）反映的意志不同

公司章程反映的是公司意志；股东协议反映的是股东意志。

（9）违反的法律后果不同

违反公司章程的，可能承担违约责任，也可能承担侵权责任，主要适用公司法的相关规定进行调整；违反股东协议的，一般承担的是违约责任，主要适用《民法典》的相关规定进行调整。