在公务用车制度改革期初，国家税务总局《关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发[1999]58号）就明确了关于个人取得公务交通、通信补贴收入征税的问题。该文件规定，个人因公务用车和通信制度改革而取得的公务用车、通信补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月“工资、薪金”所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份“工资、薪金”所得合并后计征个人所得税。
公务费用的扣除标准，由省级地税局根据纳税人公务交通、通信费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
此后，国家税务总局专门下发了《关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（国税函[2006]245号），具体规定为：
一、因公务用车制度改革而以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。
二、具体计征方法，按国家税务总局《关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发[1999]58号）第二条“关于个人取得公务交通、通信补贴收入征税问题”的有关规定执行。
上述文件明确了不论是以现金形式还是票据报销等方式取得由于公务用车制度改革而发生的车补，都是个人所得税应税收入，在支付个人车补时，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计算和代扣代缴个人所得税。
在实务中，负税人对“扣除一定标准的公务费用”十分关注，是不是各省税务机关对此都作出了扣除标准的规定呢？据查询，目前只有少数省级税务部门有此规定。
一、有扣除标准
1、辽宁省
《辽宁省地方税务局关于进一步明确公务用车制度改革后个人所得税政策的通知》（辽地税发[2009]76号）第三条规定：实行公务用车制度改革的单位，其职工以现金或实报实销方式取得的车改补贴收入，均扣除70%的公务费用后并入“工资、薪金所得”计征个人所得税。公务费用扣除最高限额为每月2500元，超过的部分并入“工资、薪金所得”计征个人所得税。未备案的公务用车改革单位，其向职工个人支付的现金补贴或限额内实报实销的公务用车费用，均应全额并入当月工资薪金中征收个人所得税。
根据辽宁省该文件的规定，企业发放给职工的公务用车补贴，个人所得税前准予扣除的标准为公务用车补贴的70%，但最高限额每月不得超过2500元。但需要企业特别注意的是，实行公务用车制度改革应向当地主管地税机关报送公务用车改革方案，经核实后报省局备案，未备案的公务用车改革单位发放或报销的公务用车费用，需全部并入当月工资薪金计征个税。
2、大连市
《大连市地方税务局关于调整公务用车费用及通讯公务费用个人所得税税前扣除标准的通知》（大地税函[2010]7号）文件规定：公务用车费用每人每月不得超过2,700元。实际发生额不超过2,700元的，按实际发生额在应纳税所得额中扣除；实际发生额超过2,700元的，其余额不得结转到以后月份的应纳税所得额中扣除。
3、吉林省
《吉林省地方税务局关于个人取得的公车改革补贴收入征收个人所得税问题的通知》（吉地税发[2007]69号）第三条规定：个人从本单位取得的符合前两项规定条件的公务用车制度改革补贴收入(以下简称补贴收入)，公务费用扣除标准为：长春、吉林市暂定每人每月2500元、其他市(州)暂定2000元、县(市)暂定1500元。补贴收入低于上述扣除标准的，在计征个人所得税前予以扣除；超过扣除标准的，就超出部分并入当月工资收入征收个人所得税。
4、深圳市
深圳市地方税务局转发国家税务总局关于企事业单位公务用车制度改革后相关费用税前扣除问题的批复（深地税发[2007]186号）规定：公务用车改革后，单位为员工报销的相关费用，以及以现金或实物形式发放的交通补贴，在给予企业所得税税前扣除的同时应并入员工个人工资薪金所得征收个人所得税。
5、西藏自治区
《西藏自治区国家税务局关于个人取得公务用车补贴和通讯费补贴征收个人所得税有关问题的通知》（藏国税发[2006]83号）第二条公务费用扣除标准规定：为体现个人所得税调节高收入和税收公平原则，根据近年来全区实际发放公务用车补贴和通讯费情况，现将公务费用扣除标准制定如下：公务用车补贴每人每月600元,通讯费补贴每人每月400元。
6、宁夏回族自治区
《宁夏回族自治区人民政府关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征免个人所得税有关问题的批复》（宁政函[2006]123号）规定：实行公务用车制度改革单位向主管税务机关备案后，允许在个人所得额中扣除一定公务费用标准后征收个人所得税。具体扣除标准为：以现金支付的，每人每月扣除费用不超过1200元；凭票报销的，每人每月扣除费用不超过1800元。凭票报销的费用包括：燃油(燃气)费、保险费(个险、车险)、过路过桥费、停车费、养路费。
7、云南省
《云南省地方税务局转发国家税务总局关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（云地税二字[2006]37号）规定：我省个人因公务用车和通讯制度改革而取得公务用车和通讯补贴收入的公务费用扣除标准问题，目前正做调查研究，待省政府批准确定后执行。在省政府尚未批准确定以前，暂不作公务费用的扣除。
8、黑龙江省
《黑龙江省地方税务局关于个人取得公务交通、通讯费补贴有关公务费用个人所得税扣除标准的通知》（黑地税函[2006]11号）第一条规定：实行公务用车改革的党政机关和企事业单位交通费用补贴每人每月扣除1,000元，超出部分计征个人所得税。其他形式的交通费补贴一律计征个人所得税。
9、山东省
《山东省地方税务局关于个人所得税若干政策问题的通知》（鲁地税二函[2005]15号）第二条规定：关于机关车改补贴收入征免个人所得税问题按照《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》(国税发[1999]58号)的有关规定，对于个人因公务用车制度改革而取得的公务用车补贴收入，可扣除一定标准的公务费用，费用扣除标准应经省级人民政府批准后确定。由于我省目前尚未进行公务用车制度改革，对个别地区和单位发放给个人的公务用车补贴，应并入个人当月工资、薪金所得，计算征收个人所得税。
按照鲁地税二函[2005]15号文件的规定，因文件下发时山东省未进行车改，单位发放的公务用车补贴应全部并入工资薪金计征个税。截止目前为止，山东省再未出台文件对公务用车补贴个人所得税前扣除标准做相关规定。但提醒企业注意的是，该文件是针对机关单位公务用车补贴做出的相关规定，对于企业单位是否具有约束性并不确定，但山东省内大部分企业仍参照该文件执行，将发放的公务用车补贴全部并入工资薪金计征个税。
通过以上各省市的政策规定，我们可以看出对于公务用车补贴税前扣除各省市标准不一，进行公务用车改革的单位发放给职工公务用车补贴时，应该参照单位所在省市的具体规定，准确计算扣缴相关的个人所得税。
内蒙古自治区
《内蒙古自治区财政厅地方税务局关于个人因公务用车制度改革取得的公务交通补贴收入有关个人所得税政策的通知》（内财税〔2016〕376号）：我区公务用车制度改革实施后，经自治区公务用车改革领导机构批准，各级党政机关(包括党委、人大、政府、政协、审判、检察机关，各民主党派和工商联，参照公务员法管理的人民团体、群众团体、事业单位)有关人员在补贴标准内取得的公务交通补贴收入，允许计征个人所得税时在税前扣除。
广西壮族自治区
《国家税务总局广西壮族自治区税务局关于公务交通补贴个人所得税有关问题的公告》（国家税务总局广西壮族自治区税务局公告2018年第12号）：对企业职工公务用车费用扣除标准划分为高级管理人员和其他人员两档处理，具体为：
（一）高级管理人员每人每月1950元；
（二）其他人员每人每月1200元。
12、海南省
《海南省地方税务局关于明确公务交通通讯补贴扣除标准的公告》（海南省地方税务局公告2017年第2号）：企事业单位员工因公务用车制度改革取得的公务交通补贴收入，允许在以下公务费用扣除标准内，按实际取得数额予以扣除，超出标准部分按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。
（一）?？?、三亚、三沙、儋州、洋浦的公务费用扣除标准
高级管理人员1690元/人/月，其他人员1040元/人/月。
（二）其他市县的公务费用扣除标准
高级管理人员1000元/人/月，其他人员600元/人/月。
13、甘肃省
《甘肃省财政厅 甘肃省地方税务局关于公务交通补贴等个人所得税问题的通知》（甘财税法〔2018〕15号）：
（二）对其他企事业单位实施公务用车改革发放的公务交通补贴，按以下原则确定扣除标准：
1.比照本地区党政机关及其所属参公事业单位职工扣除标准确定。
2.扣除标准按照行政单位相应级别分三级确定：企业董事、总经理、副总经理等企业高层管理者每人每月不超过1950元；企业各部门经理每人每月不超过1200元；其他人员每人每月不超过600元。
3.职工个人取得的公务交通补贴超过以上扣除标准的，按标准扣除；不足标准的，按发放金额据实扣除。
（三）个人取得超过规定标准部分的公务交通补贴收入，或没有实行公务用车改革取得的公务交通补贴收入，均应并入当月工资、薪金所得计征个人所得税。