在税务实操中，出口退税申报系统分为单机版和在线版两种。单机版需要通过出口退税咨询网下载“出口退税申报系统”软件安装包，在软件上进行数据录入申报。在线版不需要下载，可直接在网页上进行申报。在线申报不用担心电脑系统安装问题，也不要担心申报系统和商品码库版本升级问题，较为方便。以下以福建省外贸企业为例，阐述在电子税务局申报出口退税的具体操作步骤。
一、登录电子税务局，点击“我要办税”模块下的“出口退税管理”，点击“在线申报”进入申报界面。如下图所示： 二、进行明细数据采集。外贸企业的数据主要包括报关单和进项发票，根据报关单录入出口货物明细数据，根据对应的进项发票录入进货明细数据。
需要特别注意:关联号的编写规则：申报年月+申报批次+流水号。每一张报关单对应一个关联号，相应的进货发票关联号与报关单关联号保持一致，这样才可以把出口明细和进货明细关联起来，形成对应关系。如下图所示： 三、进行数据检查。点击“退税申报”—“数据申报”—“数据检查”，系统自动进行进货出口数量关联检查和换汇成本检查。检查通过方可进行下一步操作，如果提示数量或者数据错误可返回上一步修改；如果是换汇成本高，需要做情况说明录入。如下图所示： 四、一键生成汇总、生成申报数据。如下图所示： 五、数据申报。点击“远程申报”，先进行“数据自检”，接收反馈信息进行疑点处理。若有疑点需修改数据的，可以撤销数据，退回到数据采集模块进行修改。若审核通过，可点击“直接申报”确认正式申报。如下图所示： 六、报表打印。正式申报后，选择要打印的报表（支持批量打印，一次打印选中的所有报表）如有疑点需提交材料的，可作为正式的纸质申报文件提交税务局。无需提交的，企业自己留存备查。如下图所示：