外贸企业主要是指处于流通环节的贸易公司，一般来说，没有属于自己的生产设备，没有明确属于本公司的自产产品，主要依靠外购产品再对外销售，其经营方式与生产企业有很大的差别，故其出口退税申报操作流程与生产企业相比也有较大的差别。具体来说，外贸企业的出口退税申报操作流程如下：

一、外贸企业应在货物报关出口之日起90日内，准备以下出口退税单证，用于出口退税申报。主要包括：

1、出口货物报关单(出口退税专用);

2、出口商品专用发票;

3、购进货物取得的增值税专用发票(抵扣联，并应自开票之日起30日内办理认证手续)或分批单;

4、外汇核销单(出口退税联);

5、主管税务机关要求提供的其他资料。

二、外贸企业应在货物报关出口后，及时取得出口货物报关单，并登录电子口岸，查询比对出口信息与纸质报关单是否一致。若一致，应在每个工作日的上午8：00至下午16：00向国税局提交电子信息。

三、根据主管税务机关要求，使用指定的外贸企业出口退税申报软件录入出口退税信息，生成出口退税申报数据，传递至软盘。

四、整理、装订出口退税报表、单证成册，在规定的申报时间内办理出口退税正式申报。若申报数据准确、单证无误、报表一致，则通过审核，转入审批环节;若存在需要调整、更正的数据或单证及报表，则应按主管税务机关的要求进行处理。

五、对于已经审批完毕的出口货物，主管税务机关将按法定程序办理退库手续。外贸企业应根据银行退转的出口退税退付凭证进行账务处理，至此申报完毕。