合作医疗报销流程主要分为建档立卡贫困户和非建档立卡贫困户报销流程。

建档立卡贫困户在医院住院报销手续主要是:

1，住院者在住院以前带上身份证和户口簿，住院时登记的信息必须与身份证信息一致，否则即使登记了也无法报销。2，无需交押金，入院即可治疗，先治疗后付费，按照病种不同可享受全部报销或者基本全部报销，患者不用出一分钱。3，患者出院时按照医院的报销流程，提供相关手续，医院自行报销，不存在患者为了报销而来去跑的现象。4，如果确实患者自付了些许钱，那可以按照相关手续，去当地乡民政办去申请大病救助，这个必须符合条件，不符合条件的不予救助。

非建档立卡贫困户的报销流程:

1，入院时带上户口簿和身份证。2，按照病种不同，先交押金再住院，3，出院时凭借入院治疗的所有单子，加害医院公章，在医院制定地点一次性报销，不存在来去跑，多次跑的现象。 大病补偿： 镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。新型农村合作医疗基金报销支付特殊病种有：恶性肿瘤化疗、放疗;重症尿毒症的血透和腹透;组织或器官移植后的抗排异反应治疗;精神分裂症伴精神衰退;系统性红斑狼疮(有心、肺、肾、肝及神经系统并发症之一者);再生障碍性贫血;心脏手术后抗凝治疗。其余可报销的特殊病种，以当地具体政策为准。特殊病种的特定门诊治疗包括治疗期间必须的支持疗法和全身、局部反应对症处理，一般辅助治疗不列入报销范围。