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如何处理：
一、企业若取得不能抵扣的专用发票，一个途经是要销货方重新开具普通发票，另一个途经是把发票拿去认证抵扣，但同时做全额进项转出。
二、购货方购进属于免税货物用、非应税项目用，要求销货方开具普通发票。
三、购货方属于小规模纳税人期间，要求销货方开具普通发票。
四、购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，购货方要自我检讨一下管理流程，应在180日内尽快认证。
滞留票的税收处理：
(1)发票丢失未认证。若超过180天未认证，则形成滞留票，无法抵扣相应进项税额，企业可以根据留存的发票联或销货方提供的记账联复印件进行所得税前成本费用的扣除。
(2)销货方拒绝提供发票。若发票开具后180天购货方依然未收到发票，则无法抵扣相应进项税额，相应的成本亦无法进行扣除。
(3)收票方为小规模纳税人或其他没有资格取得增值税专用发票的企业。《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条规定，纳税人销售货物或者应税劳务，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：A.向消费者个人销售货物或者应税劳务的。B.销售货物或者应税劳务适用免税规定的。《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发〔2006〕156号)第十条规定，商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽(不包括劳保专用部分)、化妆品等消费品，不得开具专用发票。销售免税货物不得开具专用发票。
对于购买方为小规模纳税人或非增值税纳税人的情形，只要该笔货物销售交易不属于以上情形，销货方就可以开具增值税专用发票。但购货方取得后不得抵扣进项税额，相应的成本费用可以在所得税前全额扣除。
(4)两头不入账偷逃税款。通常情况下滞留票信息极易取得，税务机关通过抄报税数据与认证数据比对即可发现。若发现利用滞留票两头不入账进行偷税的情形，除了补缴相应的增值税税款、所得税税款、滞纳金，查补罚款以外，还有可能面临承担刑事责任的风险。
另外，普通发票也有可能存在滞留的情形。虽然普通发票没有抄税报税信息，普通发票的滞留信息难以取得，但随着总局的《商品和服务分类与代码》的使用以及金税三期的运行，农产品收购发票等据以计算抵扣的滞留票信息的取得将不费吹灰之力。